Родился 15 марта 1933 в Москве в семье артиста балета, педагога и хореорафа Асафа Мессерера, чья жизнь была неразрывно связана с Большим театром. В 1956 окончил Московский архитектурный институт (педагог – Александр Дейнека), посещал мастерскую графика Артура Фонвизина. В 1956–57 в составе авторской группы (А. Гончаров, А. Васнецов, В. Эльконин, И. Бруни) работал над панно «Москва» для главного павильона выставки «ЭКСПО»-1958 в Брюсселе.

Дебютировал в Большом театре в 1963 на постановке балета «Подпоручик Киже» на музыку С. Прокофьева (хореографы А. Лапаури, О. Тарасова). В Большом в качестве художника-постановщика также принял участие в выпуске балетов –«Кармен-сюита» на музыку Ж. Бизе – Р. Щедрина (хореограф А. Алонсо, 1967), «Конек-горбунок»» Р. Щедрина (хореограф Н. Андросов, 1999), «Светлый ручей» Д. Шостаковича (Хореограф А. Ратманский, 2003).

Был дизайнером грандиозной выставки «Художники Большого театра за 225 лет», развернутой в московском Центральном выставочном зале «Манеж». 

Также работал в Лейпцигском оперном театре, Тбилисском театре оперы и балета им. З. Палиашвили, Ереванском театре оперы и балета им. А. Спендиарова, Софийском театре оперы и балета, Театре «Кремлевский балет», Московском театре Новая опера им. Е. В. Колобова. 

В 1990–1997 был главным художником МХАТ им. А.П. Чехова (ныне МХТ им. Чехова). Сотрудничал со многими драматическими театрами, среди которых театр им. А. С. Пушкина, театр Сатиры, Театр им. Моссовета, Театр им. Евгения Вахтангова, театр на Малой Бронной, театр им. Владимира Маяковского, Театр на Таганке.

Был художником-постановщиком кинофильмов «Лев Гурыч Синичкин» (режиссер А. Белинский, 1974), «Двенадцать стульев» (режиссер М. Захаров, 1977), «Романовы. Венценосная семья» (режиссер Г. Панфилов, 2000), а также ряда телеспектаклей, включая балеты Большого театра «Подпоручик Киже» и «Кармен-сюита».

Работает в области станковой живописи. Имел многочисленные персональные выставки.

Неоднократно выступал в качестве дизайнера выставок, среди которых ряд крупнейших экспозиций в Государственном музее изобразительных искусств/ ГМИИ им. А.С. Пушкина «Москва – Берлин, 1900-1950» (1996), «Русский придворный костюм» (2000), «Россия – Италия. Сквозь века. От Джотто до Малевича» (2005), «Феллини!» (2005), «Маски. От мифа до карнавала» (2006), «Уильям Тернер» (2008), «Пикассо» (2010), «Сальвадор Дали» (2011), «Уильям Блейк и британские визионеры» (2011), «Воображаемый музей» (2012), «Прерафаэлиты: викторианский авангард» (2013), «Шедевры Тициана из музеев Италии» (2013), а также «Сто и двенадцать стульев» (2000), «Пиковая дама. Карты в жизни. Жизнь в картах» (2002) в Государственном историческом музее, «Ситцевая Россия» (2010) в московском Музее декоративно-прикладного искусства.

Автор – совместно с супругой Беллой Ахмадулиной – книг-альбомов «Таруса» («Артлибрис», 2005), «Белые ночи» (2012), автор и составитель книги «Театр Бориса Мессерера» («Гамма-Пресс», 2014). Написал и оформил воспоминания о Белле Ахмадулиной «Промельк Беллы» (Редакция Елены Шубиной, 2016).

По его эскизам создан памятник Белле Ахмадулиной в Тарусе (отлит в бронзе З. Церетели).

Произведения находятся в собраниях Государственной Третьяковской галереи, ГМИИ им. А. С. Пушкина, Государственного Русского музея, Государственного центрального театрального музея им. А. А. Бахрушина, Музея музыкальной культуры им. М. И. Глинки, музея Большого театра, Музея С. С. Прокофьева, Государственного литературного музея А. С. Пушкина, Московского музея современного искусства, а также в частых собраниях в России и за рубежом.